1. ตรวจจับการดูดกลืนแสงของสารละลาย RNA

ค่าการดูดซับที่ 280, 320, 230 และ 260 นาโนเมตรแสดงถึงค่าของกรดนิวคลีอิก พื้นหลัง (ความขุ่นของสารละลาย) ความเข้มข้นของเกลือ และสารอินทรีย์ เช่น โปรตีน ตามลำดับโดยทั่วไปจะดูเฉพาะ OD260/OD280 (อัตราส่วน, R)เมื่อ 1.8~2.0 เราคิดว่าสามารถทนต่อการปนเปื้อนของโปรตีนหรือสารอินทรีย์อื่นๆ ใน RNA ได้ แต่ควรสังเกตว่าเมื่อใช้ Tris เป็นบัฟเฟอร์เพื่อตรวจจับการดูดกลืนแสง ค่า R อาจมากกว่า 2 (โดยทั่วไปควรเป็น <2.2)เมื่อ R<1.8 มลพิษของโปรตีนหรือสารอินทรีย์อื่นๆ ในสารละลายจะชัดเจนมากขึ้น และสามารถกำหนดชะตากรรมของ RNA ได้ตามความต้องการเมื่อ R>2.2 แสดงว่า RNA ถูกไฮโดรไลซ์เป็นกรดนิวคลีอิกเดี่ยว
 
2. รูปแบบอิเล็กโทรโฟเรติกของ RNA
โดยทั่วไป เจลสำหรับตรวจสอบสภาพธรรมชาติจะใช้สำหรับ RNA อิเล็กโตรโฟรีซิส แต่ถ้าใช้เพื่อตรวจจับคุณภาพของ RNA เท่านั้น เจลสำหรับตรวจสอบสภาพธรรมชาติก็ไม่จำเป็น และสามารถใช้เจลอะกาโรสธรรมดาได้จุดประสงค์ของอิเล็กโตรโฟรีซิสคือเพื่อตรวจหาความสมบูรณ์ของแถบ 28S และ 18S และอัตราส่วน หรือความสมบูรณ์ของ mRNA smearโดยทั่วไป หากแบนด์ 28S และ 18S สว่าง ชัดเจน และคมชัด (หมายถึงขอบของแบนด์ที่ชัดเจน) และความสว่างของ 28S มากกว่าสองเท่าของแบนด์ 18S เราถือว่าคุณภาพของ RNA นั้นดี
ข้างต้นเป็นสองวิธีที่เราใช้กันทั่วไป แต่ทั้งสองวิธีไม่สามารถบอกเราได้อย่างชัดเจนว่ามี RNase ตกค้างในสารละลาย RNA หรือไม่หากมี RNase ในปริมาณที่น้อยมากในสารละลาย เป็นเรื่องยากสำหรับเราที่จะตรวจจับด้วยวิธีข้างต้น แต่ปฏิกิริยาของเอนไซม์ที่ตามมาส่วนใหญ่จะดำเนินการที่อุณหภูมิสูงกว่า 37 องศาและเป็นเวลานานด้วยวิธีนี้ หากมี RNase ในปริมาณน้อยมากในสารละลาย RNA ก็จะมีสภาพแวดล้อมและเวลาที่เหมาะสมมากที่จะมีบทบาทในการทดลองครั้งต่อไป และแน่นอนว่าการทดลองจะเย็นลงในเวลานี้ด้านล่างเราจะแนะนำวิธีการที่สามารถยืนยันได้ว่ามี RNase ตกค้างในสารละลาย RNA หรือไม่
 
3. การทดสอบการเก็บรักษาความร้อน
ตามความเข้มข้นของตัวอย่าง ให้ดึง RNA 1,000 ng สองตัวจากสารละลาย RNA แล้วเติมลงในหลอดปั่นแยกขนาด 0.5 มล. และเสริมด้วย pH 7.0 Tris buffer จนมีปริมาตรรวม 10 ul แล้วปิดฝาหลอดใส่หนึ่งในนั้นลงในอ่างน้ำอุณหภูมิคงที่ 70°C และปล่อยให้อุ่นเป็นเวลา 1 ชั่วโมงส่วนอื่นเก็บไว้ในตู้เย็น -20°C เป็นเวลา 1 ชั่วโมงเมื่อถึงเวลาแล้ว ให้นำตัวอย่างทั้งสองออกเพื่อทำการอิเล็กโตรโฟรีซิสหลังจากอิเล็กโตรโฟรีซิสเสร็จสิ้น ให้เปรียบเทียบแถบอิเล็กโทรโฟเรติกของทั้งสองหากแถบของทั้งสองสอดคล้องกันหรือไม่มีความแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญ (แน่นอนว่าแถบของทั้งสองเป็นไปตามเงื่อนไขในวิธีที่ 2) หมายความว่าไม่มีการปนเปื้อนของ RNase ตกค้างในสารละลาย RNA และคุณภาพของ RNA นั้นดีมากในทางตรงกันข้าม หากตัวอย่างถูกบ่มที่อุณหภูมิ 70°C แสดงการย่อยสลายที่เห็นได้ชัด แสดงว่ามีการปนเปื้อนของ RNase ในสารละลาย RNA
 
2 วิธีการทดลองและเทคนิคในการสกัด RNA
ปัญหาที่เรามักพบเมื่อแยก RNA คือ (1) ผลผลิต RNA ต่ำ;(2) RNA มีมลพิษทางเกลืออย่างร้ายแรง(3) RNA มีมลพิษตัวทำละลายอินทรีย์อย่างร้ายแรง(4) การเสื่อมสภาพของตัวอย่างและปัญหาอื่นๆ
 
1. รีเอเจนต์การสกัด RNA ทั้งหมดที่ใช้กันทั่วไป
วิธี guanidine isothiocyanate และวิธี Trizol เป็นวิธีที่ใช้บ่อยที่สุดในการสกัด RNA ทั้งหมดจากเนื้อเยื่อสัตว์และเซลล์สัตว์เหมาะอย่างยิ่งสำหรับตัวอย่างขนาดเล็กและเนื้อเยื่อที่สกัดได้ยากเป็นพิเศษ เช่น การสกัด RNA ทั้งหมดจากผิวหนังกระต่ายและเนื้อเยื่อเกี่ยวพันของสัตว์นอกจากนี้ Trizol ซึ่งเป็นสารทำปฏิกิริยาสลายเอนกประสงค์ ยังสามารถใช้สำหรับการสกัดเนื้อเยื่อพืช แบคทีเรีย เชื้อรา และเนื้อเยื่ออื่นๆสำหรับเนื้อเยื่อพืชที่มีพอลิแซ็กคาไรด์และโพลีฟีนอล เช่น คามีเลียโอลิเฟอรา ใบชา เรพซีด เป็นต้น วิธี CTAB ยังสามารถใช้เพื่อแยก RNA ทั้งหมด

เช่นเดียวกับวิธีการทั่วไป วิธีการแบบสองคอลัมน์ยังได้รับความนิยมอย่างมากเนื่องจากการทำงานที่อุณหภูมิปกติ ไม่จำเป็นต้องเติม RNase และปลอดภัย—ไม่ต้องใช้คลอโรฟอร์ม ฟีนอล และสารอินทรีย์อื่นๆ ในการสกัด(สินค้าแนะนำ )